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燕平书院原来叫谏议书院，清代位于原昌平师范附小、今昌平区人民检察院新址院内。元代时位于新店刘谏议祠，而新店当时是昌平县的县治所在地。元朝泰定二年(1325年)，为了纪念唐朝晚期舍命进谏的昌平人——谏议大夫刘蕡，由昌平驿官宫祺奏请设立，并命名为谏议书院。然而，由于缺乏史料，谏议书院和韩祥书院的创办、废立、重修的具体情况并不十分清楚，因此，我们仅能够从现存零星的史料中窥见到士大夫创办谏议书院和韩祥书院的一些情况。
明景泰三年(1452年)徙治于永安城内，谏议祠随县治徙于儒学(今昌平二中)，而书院遂废。
乾隆二十三年(1758年)知州芮泰元建，更名为燕平书院。
乾隆四十五年(1780年)知州归景照重修。
道光二十四年(1844年)霸昌道张云藻、知州雷致亨重修。
光绪二十九年(1903年)，更名为昌平县高等小学堂。
至此，燕平书院作为科举考试的官方办学机构正式走入历史
宫祺，霸州城西十五里宫哥庄人(今属河北省雄县)。他是本村士绅，学识渊博，热心教育事业，在昌平驿馆任上创办了谏议书院，后又在家乡创办益津书院。据元人黄溍水所撰《宣圣庙学记》的记载，元文宗至顺二年(1331年)，宫祺转任霸州益津县地方官时，又创办了益津书院，以他在西乡所居住的宫哥庄作为学舍，并建祠堂祭祀先贤先圣。
从宫祺奏请设立谏议书院一事可以看出，元朝时期，不能自由创办书院，要经过官方批准。元朝初年，为了笼络士人，忽必烈鼓励创办书院，但从至元后期开始，创办书院要经过政府批准，申请建立书院的公文需要经过县、州、府、廉访司、路、行省、宣慰使、中书省、吏部、礼部、集贤院、国子监等部门的审核，逐级上报，批准后才能创办，建成后还要报告官府，请求设置山长等书院管理人员。那么谏议书院的设立要由宫祺奏请批准，也就没有什么奇怪的了。
