成为我国西北地区馆藏种类、数量最多的综合性标本馆之一，在国际、国内均具有典型的区域代表性。
位于乌鲁木齐市北京南路818号，是在50年代新疆综合科学考察的基础上建立的。自1956年中国科学院新疆分院成立，即开始以新疆为代表的中国内陆干旱区生物、土壤标本进行采集、馆藏，迄今已有近50年的历史，包括植物、动物、微生物、土壤、沙样等多方面内容，现已积累馆藏各类标本约12万号。成为我国西北地区馆藏种类、数量最多的综合性标本馆之一，在国际、国内均具有典型的区域代表性。 几十年来，馆藏标本对有关志书、专著、论文的编写，提供了丰富、详实的依据，例如《中国植物志》、《中国药典》、《中国稀有濒危植物红皮书》、《新疆植物名录》、《新疆药用植物志》、《新疆植物志》、《新疆沙漠植物志》、《中国土壤分类》、《荒漠碱土》、《新疆通志》等等，并为一大批国家和地方重大、重点科研项目、各类科学考察、新疆各自然保护区规划和建设等，提供了科学咨询和科学依据。
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